中医认为，糯米具有益气健脾、开胃消食的作用。用来包裹粽子的粽叶更有讲究，北方大都用芦苇叶，南方多用竹叶或荷叶，这些叶子都有很好的药用功能。如：苇叶可以清热生津、除烦止渴;竹叶可以清热除烦、利尿排毒;荷叶能清热利湿、和胃宁神。总的来说，粽子有清热除烦、助脾开胃的作用，特别适合初夏食用。
民谚说：“清明插柳，端午插艾。”在端午节，家家户户都要将菖蒲、艾条插于门楣，悬于堂中。艾叶(也叫艾蒿)是一味芳香化浊的中药，有较强的驱毒除瘟作用。现代研究表明，悬挂艾叶及燃烧艾叶的确有杀菌消毒、预防瘟疫流行的作用。艾叶、菖蒲还有驱蚊的作用，慢慢燃烧艾叶驱蚊效果将会更好。
端午前后，我国南方很多地区都已步入梅雨季节，天气条件有利于蚊蝇、害虫的活动和繁殖。而雄黄是一味解毒、杀虫的中药，内含有毒的砷盐成分，害虫闻之食之即会中毒，人涂之可以避毒。也有很多人在端午节饮雄黄酒，但由于雄黄的主要成分是二硫化砷，遇热后可分解为毒性很强的砒霜，因此不建议内服。
我国很多地方有端午节挂香囊的习俗，也是一种预防传染病的方法。自制端午香囊用到的中药有苍术、藿香、吴茱萸、艾叶、肉桂、砂仁、白芷，每味各两克，另外再加1克丁香。将这几味中药研细，然后放在布袋中，缝合好。这几味中药，中医认为有散风驱寒、健脾和胃、理气止痛、通九窍的功能，从而起到防病的作用。
