中国医学的发展，起于巫祝之禁咒祈禳，认为疾病是因鬼神作祟之故。其后则用汤醴草药，并逐渐采用针法与灸法。在战国以迄秦汉之际，经脉理论渐次形成。鬼神祟人之观念，渐为“邪气致疾论”所替代，因而发展出以“补泻”为基本原则的调经理气治病法，并由针灸运用到汤液方面，导致医术发生典范转移的现象。古之巫医，分化成为巫与医。
不过巫与医的分化并不斩截，仍多相混，所以此时的医术也可称为“道医”。秦汉南北朝医学主要是根据道教思想，广泛吸收禁咒、存思、服气、按摩诸术法在发展着。
宋朝以后，医者之传承渐渐依附于儒学体系，出现“儒医”的观念，不但以《易经》等儒家经典来解释医籍，排斥禁咒、服食、辟谷、调气诸法，且不承认神仙家及房中术可列入医学传统中，形成另一次典范转移的变革。原先的“道林养性”之说，渐成“儒门事亲”之业。
一、中医传统的变迁
所谓儒医，就是医术在宋以后，渐与儒业合流。据《宋史》，医学初隶太常寺，崇宁间改隶国子监，分上舍内舍外舍，属于太学，亦有科举。且儒者从事医学颇多，如今传《苏沈良方》八卷，即是沈括所集药方，而后人又以苏轼医学杂说附之者。苏轼有友人庞安时则着有《伤寒总病论》六卷。安时弟子张扩、侄孙张杲又着《医说》十卷。
同时金张从正则撰有《儒门事亲》十五卷，谓医道为儒者奉亲必备之知识与技能。至元朱震亨，乃许谦门人，以医为儒者格致之学，着《格致余论》，为一代医宗。
嗣后如明朱崇正作《仁斋直指》附遗，崇正即字宗儒。儒者本其格物致知之态度以究探医学，并借以表达仁人爱物之意，医儒一体。朱震亨与朱崇正这些例子，都具有典型的意义。后世“儒医”成为一个常用词汇，便是因此而来的。
风气之起，应在唐朝。当时王冰注《黄帝内经素问》，已发现只以老庄来解释《素问》并不够。老庄论阴阳甚少，又不论五行、不谈音律，故为了说明《素问》“和于阴阳，调于四时”、五脏配五行、五音、五方的理论架构，王冰必须引用《易经》论阴阳乾坤、《尚书·洪范》论五行，以及《礼记·乐记》的部分来做些补充。
但这时王氏引《易》，还常显得生硬牵强。如〈阴阳离合论篇〉：“帝曰：『原闻三阴三阳之离合』，歧伯曰：『圣人南面而立，前曰广明，后曰太冲』。广明，下文有解释，云：“中身而上，名曰广明”，指身体正面的上半身。可是王冰注却说：“南方丙丁，火位主之，阳气盛明，故曰大明也。向南治物，故圣人南面而立，《易》曰：『相见乎离』，盖谓此也”。这不是挺荒谬吗？
然而，这也可以看到一种趋势：《素问》本身和《易经》原没什么关系，可是却有人总想替它们牵牵线、作个媒。这种倾向，在王冰之后越演越烈。
如宋林亿《重广补注黄帝内经》即以《易纬·干凿度》来解释《素问》为什么称为“素问”，谓：“干凿度云：『夫有形者生于无形，故有太易、有太初、有太始、有太素。太易者，未见气也。太初者，气之始也。太始者，形之始也。太素者，质之始也』，气形质具而症由是萌生，故黄帝问此太素，质之始也。《素问》之名，义或由此”。
这实在也是牵合附会之谈。太素之说，起于《易纬》，黄帝时怎么可能用此为书名？设若书名乃汉人所题，故用《易纬》之说，称其书为《素问》，那么书中又为何完全没有讲太始太素之类事？
但林亿之所以会如此征引，其实正显示了他欲将《易经》与《素问》相关联的用心。故〈阴阳应象大论篇〉说：“积阳为天，积阴为地，阴静阳躁，阳生阴长，阳杀阴藏”，林氏等新校正便说：
阴长阳杀之义，或者疑之。按《周易》八卦布四方之义，则可见矣。坤者阴也，位西南隅，时在六月七月之交，万物之所盛长也。安谓阴无长之理？干者阳也，位戍亥之分，时在九月十月之交，万物之所以杀也，孰谓阳无杀之理？以是明之，阴长阳杀之理可足矣。
以《周易》八卦分布四方来解释阴阳消息，实为王冰所不及论。但此风既开，四方八卦之说便泛滥于医学之中了。《灵枢·九宫八风》说“太一”在一年之中依次移居九宫，论者便以四方八卦来比附。
太一，是北极星，北极不动，北斗之斗杓则随季节旋转，古来均依斗杓所指十二辰来区分节气，一年分为廿四个节气。斗杓所指之辰，则称为月建。例如冬至节，月建在正北。这是十二月与辰、方位、节气的配合。另外，一年三百六十五日，分属八个方位，称为八宫，每宫得四十六日，天门地户两宫各仅四十五日。如果再将这八个方位跟上面所说的十二月、十二辰、廿四节气配合起来，即是所谓太一移居，八宫各分配三个节气；加上中央，共为九宫。
这种天文与节令的配合，本来是因医学理论重在“调四时，合阴阳”而设，故八宫又配以八风。谓各节令有符合节气的实风，主资长万物；也有与时令节气相反的虚风，主收杀万物。所以人应注意驱避风邪。但它谈八宫八方位，却给了以四方八卦来论医理者一个好机会，论者立刻将八宫和八卦结合起来，形成一个图表。
其实《灵枢》原文根本不曾谈到八卦，八宫分别是叶蛰、天留、仓门、阴洛、上天、玄委、仓果、新洛。后人勉强以八卦与之配属，遂只好刻意去解释为什么叶蛰宫是坎、新洛宫是干。例如倪仲玉说艮居东北，主立春、雨水、惊蛰、“艮为山，正而不动”，故名天留宫。离居南，主夏至、小暑、大暑，“日月丽天，主离明在上之象”，故名上天宫。干位西北，主立冬、小雪、大雪、“新者始也，洛书载九履一、一乃干之始”，故名新洛。凡此等等，都显然是误说。
换言之，《素问》《灵枢》可能在早期皆近于道家义，道家人士也是两书的主要传承者(日本多纪元胤《医籍考》甚至认为：“《道藏》中有玉枢、神枢、灵轴等之经，而又收入是经。则『灵枢』之称，意出于羽流者欤？曰灵枢、曰九虚、曰九灵，并是黄冠所称，而九卷《针经》为其旧名也”)。可是越到后世，它与儒家的关系就越来越紧密。由道医逐渐发展为儒医的轨辙也由此可见。
二、道林养性与儒门事亲
道教观念具存于医学中，而其后转为儒家立场，其实是一种趋势，并不仅表现在对《素问》《灵枢》的解释上。如隋太医博士巢元方等所编《诸病源侯论》，为我国第一部全面性的病因学专着，其中卷廿三即有〈尸病诸候十二论〉。什么叫做“尸病”呢？
这完全是道教中的一个观念，说：“人身内自有三尸诸虫，与人俱生。而此虫忌恶，能与鬼灵相通，常接引外邪，为人患害”。三尸，又称三虫，据说上虫居住在上丹田，名彭倔，色白而青，使人嗜欲痴滞，又伐人眼。中虫住中丹田，名彭质，色白而黄，使人贪财，好喜怒，浊乱真气，魂魄失常。下虫居下丹田，名彭矫，色白而黑，使人耽酒好色，伐人胃命。因三虫都姓彭，所以又称为三彭。
道教人士认为这三虫不但会作祟让人速死，更会窥人罪过，每逢庚申日就上天去打小报告。因此想修炼成仙的人，必须要“守庚申”“杀三尸”。唐张读《宣室志》云：“凡学仙者，当先绝其三尸。如是则神仙可得。不然，虽苦其心，无补也”，讲得非常明白。
在深受道教影响的医学传统中，三尸不但被认为是真实存在的三条虫，也认定了有些病候即是三尸所引起的。巢元方《诸病源侯论》之所以会列出〈尸病诸候〉，就是由于这样的背景。
据巢元方说，尸病包括诸尸、飞尸、遁尸、沈尸、风尸、尸注、伏尸、阴尸、冷尸、寒尸、丧尸、尸气等各种情况，症侯各异。这些症候，在其他医书中可能会以邪风邪气来解释，但在此书中都以尸虫作恶为说。其治疗之法，除了汤熨针石之外，也采用道家的导引法，例如治伏尸法，即须叩齿二七次，咽气二七次，反覆做三百通，做满二十天。
采用道教导引法治病，不仅此一处，如治牙病，它主张于生日梳发时，叩齿九通，默念咒云：“太帝散灵，五老反真。泥丸玄华，保精长存。左拘隐月，右引根。六合清练，百神受恩”，咒毕，咽唾三过(卷二九)。足见导引及咒术之治疗功能，是它所充分肯定的。
这种情况，在孙思邈《千金要方》中一样存在。孙思邈本人被道教尊为“药王”、其着作收入《道藏》中，均非偶然幸致。卷一〈大医习业第一〉开宗明义便说：
凡欲为大医，……又须妙解阴阳禄命、诸家相法，及灼龟五兆、周易六壬，并须精熟，如此乃得为大医。……不读老庄，不能任真体运，则吉凶拘忌，触涂而生。至于五行休王、七曜天文，并须探赜。
这是指医生的修养方面。在医法部分，他也很重视“养性”。卷廿七专就养性的问题，列了道林养性、居处法、按摩法、调气法、服食法、黄帝杂忌法、房中补益等项。其内容则完全是道教观点，认为养性才是无病长寿之本，去名利、除喜恶、戒声色、绝滋味、存精神，然后再用存思、按摩、调气等法。其说颇可与陶宏景《养性延命录》之说互参。
《千金翼方》中同样保存了这个讲法，卷十二〈养性〉卷十三〈辟榖〉卷十四〈退居〉卷十五〈补益〉，可说即是《千金要方.养性》的扩大与延绩。卷二九及三十的〈禁经〉上下篇，更是咒禁治病的重要文献。
宋朝以后，儒医之说兴起，“道林养性”逐渐不被医家重视，医生以“儒门事亲”自附于儒林，对于鬼神致疾说大肆批评(如《儒门事亲》卷一云：“疟之甚者，则归之怪崇，岂不大可笑耶？《内经》谓拘于鬼神者，不可与言至德，何世俗之愚而难化耶？”)，也指责方士“谬说鬼疾，妄求符籙，神祷辟匿，法外旁寻，以致病人迁延危殆”。道林养性之说，概不叙及；按摩、调气、服食、存思等法，亦极少采用了。
整体趋势虽然如此，道教医术仍间存乎其中。如金张从正《儒门事亲》卷五谈到治疮疖肿瘤、疮肿丹毒、金疮、鱼刺入喉，以及妇人乳痛、小儿身瘦肌热、疟疾不愈，乃至禁蝎，都用禁咒之法。其中治鱼刺入喉之咒，明言出于《道藏》，是让病人念：“吾请老君东流顺，老君奉敕摄摄，摄法毒水，吾托大帝尊，不到称吾者，各各现帝身，急急如律令，奉敕摄”。又，其书最末尾部分还谈到辟榖绝食的方法，提供了一些辟榖的药单。这些，都是它顺着整个医学传统讲下来，而尚未能以儒家观点完全扫除道教医术渊源的痕迹。
情况类似的，是北宋元丰年间刊布的《太平惠民和剂局方》。此书以方剂为主，其中即颇有道教祖师所传之药方，如纯阳真人养脏汤、南岳魏夫人济阴丹之类。另有用符者，如催生符；用禁咒者，如产妇将生产时，用体玄子借地法，念咒向鬼神借地安产；又铺产地草及床褥，念禁草咒；产时贮水念禁水咒。编者并相信方位宜忌之说，收录了“胎神游方”“推妇人行年法”“逐日产母生子宜向方”“逐月产母宜忌向方”“逐日日游神”等并非方剂的治法。
其后，政和年间奉敕编的《圣济总录纂要》后面也有三卷谈神仙服饵之法，或烹炼砂石，或咀嚼松柏，或吐纳、或斩三尸。情形亦略与《局方》相似。
故真正能由道医转入儒医，恐怕要迟到元朝的朱震亨。
朱氏撰《格致余论》，自序谓：“古人以医为吾儒格物致知之一事，故名其篇曰格致余论，未知其果是否耶？”虽推源于古人，语意上却看得出是自立新说，故又云：“《素问》载道之书也，词简而义深。去古渐远，衍文错简，仍或有之，故非吾儒不能读”。句句扣紧儒家，将医道纳入儒者事业中来。
其《格致余论》开宗明义，仿孙思邈《千金要方》，先谈养性之要，但将道门养性之理论，转为儒家的去嗜欲、收放心：
传曰：“饮食男女，人之大欲存焉”，余每思之，男女之欲，所关甚大；饮食之次，于身尤切。世之沦胥陷溺于其中者，盖不少矣。苟志于道，必先于此究心焉。因作饮食、色欲二箴。
这两篇箴文，与稍后的《养老论》《慈幼论》，把医术和儒家的伦理观完全结合起来了。其书及《丹溪心法》也都全然不用禁咒、存思、服气、辟榖、符籙诸说。影响所及，几夺道医之席。明成化年间程敏政替其《丹溪心法》作序，竟说：“医之先，谓出神农黄帝，儒者多不以为然”，对医的传统，儒者几乎要重新构造了。
到了《四库提要》，遂把医家与神仙家的关系断然切开，说：“汉志，『医经』『经方』二家后有『房中』『神仙』二家，后人误读为一，故服饵导引，歧涂颇杂，今悉删除”。
中国古无医学史，《四库提要》可视为第一部医籍史论或医学史论。而且它以儒学发展史来架构医学史，对后人影响甚大，儒医遂为正宗矣！
三、儒医的特点及其批判性
儒医始称于宋代。《宋会要辑稿》言：“伏观朝廷兴建医学，教养士类，使习儒术、通黄素、明诊疗而施于疾病，谓之儒医。”
这段话讲的是：宋代设立了特定的教育机构——医学，体制完全仿照太学。徽宗还让医学脱离专管宗庙礼乐的太常寺，转隶于国子监，使医学纳入儒学教育体系。并且按等级任命医官。有六个品级，十九阶具体官职，最高为翰林医官，相当于五品大夫，所以后世称医生为大夫。
当时受“格物致知”学风的影响，不少儒者也将医学作为格致的对象，如王安石即自称：“……，至于《难经》《素问》《本草》、诸小说，无所不谈。”金元四大家之一朱丹溪的医着《格致余论》中更畅言：“古人以医为吾儒格物致知之一事”。
